住房保障署为深圳市住房和建设局直属事业单位，最高行政管理岗位为职员四级。

内设机构7个，有人员编制120名，经费形式为市财政核拨。保障署承接、整合了原三个中心的工作职责，并根据我市人才工作最新举措，把二手房交易税费作为工作重心。保障署主要职能是贯彻执行人才安居、住房保障、住房制度改革有关法律法规和政策，具体实施住房保障规划和计划，负责市本级人才住房、保障房租售管理，人才安居住房补贴和保障房投融资、资产管理等工作。